通关后开启二周目时，玩家会回到自己家中，父亲会赠送一张船票用于后续跨区域移动。良木博士的父亲会将图鉴升级为全国版，解锁更多可收集的宝可梦。关键剧情包括前往水静市乘坐船只抵达对战开拓区，该区域提供多种挑战模式，如单打、双打及多人对战，完成七轮挑战后可获得对战点数，用于兑换技能或道具。部分神兽如拉帝欧斯或拉帝亚斯会根据玩家选择的颜色在全地图随机出现，需注意捕捉时机。
梦之遗迹可遭遇特定传说宝可梦；17-18号道路高处隐藏火钢兽的觉醒石，需将其带回反转山脉触发战斗。冠军之路原被索罗亚克阻挡的洞口现已开放，进入后可探索N之城的遗迹。地底遗迹需根据昼夜不同的石像提示解谜，通过调整房间切换机制捕获三神柱中的两只，第三只需通过版本间传输获取。异乡人之屋深处可获得美梦神的羽毛，用于召唤相关宝可梦。
对战开拓区的挑战是二周目核心玩法之一。单打模式需选择三只宝可梦进行3v3的七轮淘汰赛，双打则需四只宝可梦参与。对战工厂会提供六只随机宝可梦，首轮队伍可能全为神兽，建议优先选择高速单位如噩梦神。对战金字塔需在黑暗环境中探索七层，遭遇NPC或野生宝可梦后视野会暂时消失，找到蓝色方块可进入下一层。通关四次后会出现特殊NPCwodan，击败后可获得银象征及大量对战点数。
剧情线方面，需关注流星瀑布与天空之柱的联动事件。火岩队残党会抢夺关键道具，玩家需追踪至流星瀑布深处夺回手环，随后在天空之柱顶层唤醒裂空座以解决陨石危机。宇宙战场中需击败或捕捉代欧奇希斯，裂空座会爆发究极力量摧毁陨石。此部分剧情涉及大量对话与连续战斗，建议提前准备恢复类道具。
前作主角家中可获取王者之证，三洋市博物馆退休的芦荟会赠送化石。涟漪镇可定期与白菜姐对战，雪花镇PC中心右侧能遭遇暗之三位一体。完成全部七个对战设施的金象征挑战后，训练师卡片会额外增加星级标识。部分宝可梦如铁哑铃需在绿岭市大吾之家定点捕捉，流行瀑布则隐藏与大吾的额外对战剧情。
